Livonya Konfederasyonu, 1558-1582 arasındaki uzun Livonya Savaşı sırasında varlığı sona erdi. Livonya Düzeni, 1561’de Vilnius Antlaşması ile feshedildi.
Polonya-İsveç Savaşı (1600-1629) sırasında Riga ve Livonya Düklüğü’nün en büyük kısmı, 1621 yılında İsveç egemenliğine girdi. İsveç yönetimi sırasında bu bölge, bölgenin büyük bölümüne buğday sağladığı için “İsveç Ekmek Sepeti” olarak biliniyordu.